楊梅根系分布較淺，屬淺根性根系，主根不明顯，須根發達，一般70%~90%的根系分布在0~60厘米的土層內，尤其集中在5~40厘米的淺土層中，少數深達1米以上；楊梅根系的水平分布約大于樹冠直徑的1~2倍。楊梅根系與土壤中的放線菌等共生形成菌根，由樹體供給放線菌碳水化合物，根系則從放線菌獲得有機氮化物，故楊梅較耐瘠薄，能在貧瘠的土地上也能生長良好。菌根呈瘤狀突起，肉質，粉白色或淡黃色，大小不一，分布無規律；菌絲老化，更新后殘存根旁，腐爛后呈褐色粉末，對楊梅的生長無不良影響。
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